Obwohl nur Trillian Astra extra für Windows Vista angepasst wurde läuft auch Trillian 3.1 problemlos. Es können jedoch einige Probleme auftreten. 

Windows Vista kann vom Aero zum Basis-Interface wechseln wenn Trillian gestartet wird. Das wird jedoch nicht durch Trillian verursacht sondern von Quicktime (das von Trillian für einige Funktionen eingesetzt wird). Man kann das verhindern indem man die Quicktime Einstellungen anpasst.  Gehe  zum Tab Erweitert und  setze den Videomodus auf Sicherer Modus (nur GDI).

Nach dem Upgrade auf Vista speichert Trillian die Chatprotokolle möglicherweise nicht mehr. Die Ursache ist die Benutzerkonten Kontrolle von Vista, die Trillian daran hindert in das Installationsverzeichnis zu schreiben. Stattdessen werden die Protokolle in C:\Benutzer\Benutzername\AppData\Local\VirtualStore\Programme\Trillian geschrieben.  Ein Weg um dieses Problem zu beheben besteht darin einen Ordner Programme in C:\Benutzer\Benutzername zu erstellen und Trillian dort zu installieren.